運用面で効果が疑問というかそれは愚問というものである。
山陽新幹線では新大阪駅で1時間に4本程度東海から直通しているが
それは乗り換えナシという理由よりもいちいち折り返すよりは
直通したほうが車両基地へ回送するよりは山陽線へ延長運転させれば

折り返し時、いちいち乗客降車、清掃、乗客乗車で30分も余計にかけるよりも
直通化によって5分に新大阪駅の停車時間を短縮でき、
このことは東京からつぎからつぎへとやってくる列車を少ないホーム数

処理できて大変効率的で事故で遅れが発生したときなど他へ影響を
及ぼすというデメリットはあるが時間回復に役立つ可能性はあると
思います。